Master Guide 3 berisi bagian pertama dan awal dari bagian kedua dari alur cerita Duel Terminal, juga alur cerita yang menampilkan para "Legendary Six Samurai", para "Lightsworn", para "Koa'ki Meiru", dan "Skull Servant" dan para monster Wight.

1. File Nomor 01: Sejarah Duel Terminal (Perang Asli)

2. File Nomor 02: Sejarah Duel Terminal (Perang Baru)

3. File Nomor 03: Six Samurai Legendaris

4. File Nomor 04: Lightsworn

5. File Nomor 05: Koa'ki Meiru

6. File Nomor 06: Skull Servant